O diagnóstico ambiental, realizado através da caracterização físico-química da água e sedimento e biota associada, é uma ferramenta fundamental para conhecimento da área de estudo, assim como para prever e prevenir potenciais efeitos negativos da implantação e operação de um empreendimento ou atividade em determinado ecossistema.

O monitoramento ambiental, por sua vez, permite acompanhar as alterações nas características físicas, químicas e biológicas do ecossistema em questão, decorrentes de atividades antrópicas e de fenômenos naturais. Realizado em intervalos regulares, com periodicidade determinada de acordo com os objetivos de cada estudo, o monitoramento gera informações que podem ser utilizadas para a tomada de decisão referente a medidas de preservação, conservação e/ou intervenção ambiental.