A biota aquática, composta por diversos grupos, incluindo organismos do plâncton, invertebrados bentônicos e ictiofauna, fornece a melhor base para a avaliação da integridade ecológica dos ecossistemas aquáticos. Cada grupo tem seu papel específico dentro da cadeia trófica e nos fluxos de carbono, mantendo o equilíbrio dos ecossistemas e o fornecimento dos serviços ecossistêmicos.
Desta forma, avaliar e quantificar as respostas da biota às alterações no ambiente constitui uma das principais ferramentas do diagnóstico e monitoramento ambiental nesses ecossistemas.
O estudo da biota aquática permite caracterizar uma população e a estrutura de comunidades, compara-las em escala espacial e/ou temporal, estimar a densidade, biomassa e diversidade de espécies, assim como identificar a ocorrência de espécies exóticas e invasoras, endêmicas, raras ou ameaçadas de extinção, além de espécies de interesse econômico. Tais informações são fundamentais para a gestão e conservação da biodiversidade e elaboração de planos de manejo sustentáveis, assim como recrutamento dos estoques pesqueiros, controle de espécies invasoras e floração de espécies nocivas. São também extremamente importantes.
Além disso, devido ao amplo espectro de tamanho e organização trófica dos diversos grupos, quando estudados de forma integrada permitem estimar a eficiência com que a matéria orgânica produzida pela fotossíntese é transferida para níveis tróficos superiores e/ou exportada para o oceano profundo. Desta forma, são também extremamente úteis para estudos de predição sobre os efeitos das mudanças do clima no ciclo biogeoquímico do carbono.
